可以站内换乘。在南站换乘乘客无需出站，下车后从站台能直达候车室。以前，旅客在南站换乘时转一圈，差不多要20分钟，现在“直达”换乘快的话只需2分钟。在南京南站12站台至21站台之间，共有5个站台面设立中转换乘便捷通道，并增设站台标识，建立清晰、完整的导向流线，旅客下车后只要沿着地标走就能找到换乘垂直电梯，2分钟就可以从站台直接进入候车室候车。
坐火车在南京南站换乘，可以在站内不出站换乘，第一辆车到达后，乘坐直梯或走楼梯到达二层出发大厅，通过向工作人员出示第一程车票就可以进入出发大厅，此后就可以找到出发口（建议提前取出第二程车票）顺利乘坐下一程高铁或动车。
此外，南京南站没有天桥，每个站台都与相应的出发口连着直通出发大厅，建议不要被其他错误的回答误导。
坐地铁在南京南站换乘，一号线和三号线换乘是在同一站台，只需要下车后在原地等待相应列车即可，如果需要从一号线或三号线换乘S1机场线或相反行程，则需要不出站走换乘通道5到10分钟到达。
